Sampai tahun 1952 belum ada satupun SMA di kota Pontianak. Pendidikan umum yang ada waktu itu paling tinggi hanya tingkat SMP. Dengan demikian bagi peserta didik yang akan melanjutkan ke SMA terpaksa mencari sekolah di Jawa atau ke tempat lain di luar Pontianak. Banyak hambatan untuk menuju ke Jawa, terlebih bagi siswa yang kurang mampu. Dengan transportasi yang belum memadai dan seramai sekarang. Baik transportasi melalui udara maupun laut.

Tahun-tahun tersebut lulusan SMP Bruder dan Suster dirasakan makin banyak lulusannya, ada banyak kesulitan pertama nilai ujian yang tinggi dan biaya yang besar, kesulitan lainnya adalah makin sulitnya mendapatkan sekolah Katolik di jawa yang diinginkan.

Tahun 1952 dua bruder MTB yaitu bruder Bruno, MTB dan Bruder Bernulfus, MTB mulai membuka SMA di Kota Pontianak. Tahun 1952 sekolah tersebut di jadikan sekolah negeri yang dikelolah oleh pemerintah, yang sekarang menjadi SMA N 1 Pontianak.

Tahun 1963 beberapa orang Katolik juga mempunyai keinginan yang sama. Keinginan itu terwujud dengan berdirinya SMA Swasta Katolik yaitu SMA Santo Paulus di bawah asuhan Yayasan Santo Paulus dan Kongregasi Bruder MTB.

Dengan modal Rp.1.100,- SMA SANTO PAULUS PONTIANAK mulai dibuka pada tanggal 3 September 1963 dengan jumlah murid 60 orang, jumlah guru 10 orang, pesuruh 1 orang dan sebagai Kepala Sekolah adalah Bruder Bernulfus.

Sekolah ini didaftarkan pada tahun 1963 dengan nomor pendaftaran 770. Diberikan piagam pengakuan tanggal 26 April 1969, No.357/770, dan diperbaharui tanggal 22 September 1970 sebagai sekolah swasta penuh. Piagam pengakuan ini tidak berlaku lagi sejak tanggal 22 September 1973, dan pada tanggal 28 Februari 1975 diajukan permohonan bantuan kepada Kepala Dinas SMA.

Saat ini SMA SANTO PAULUS PONTIANAK sudah mendapatkan bantuan dari pemerintah. Tanggal 18 Desember 1972 ditunjuk sebagai Sekolah Perintis Peningkatan Mutu Pendidikan SMA di Kalimantan Barat.

Sejak berdirinya sekolah ini, sudah mengalami penggantian kepala sekolah.

1. Br. Bernulfus                                              ; Sep    1963 – Febr     1964

    Br. Ansfridus                                              : Febr   1964 – Agust  1964   

    Br. Sarto                                                      : Mar    1969 – Okt      1969

    Br. Bernulfus                                              : Okt    1969 –              1970

2. Br. Ansfridus                                              :           1970 – Nov     1975

3. Br. Jibrail Mariatmo                                    : Nov   1975 – Mei      1976

4. Br. Hermanus                                              : Mei    1976 – Nov     1979

5. Djunaidi Kasim                                           : Nov   1979 – Okt      1983

6. St. Jeane Marie                                            : Okt    1983 – Juli       1988

7. Br. Bernard                                                 : Juli     1988 – Juni     1995

8. Br. Aloysius Sarjono                                   : Juni    1995 – Juli       1998

9. Drs. Agustinus Naban                                 : Juli     1998 – Sept     2002

10. Br. Yulianus P., MTB                               : Sept   2002 – Juli       2006

11. Drs. Raden Yusepha                                 : Juli     2006 – 30 Juni 2010

12. Br. Valensius Ngardi, MTB., S. Pd                      : Juni 2010 – 30 Juni 2014

13. Br. Alexius Harnoto Trilaksono, MTB,. S. Kom : 30 Juni 2014 – 30 Juni 2018

14. Br. Sunardi, MTB, S. Pd                                      : 30 Juni 2018 – 30 Juni 2020

15. Br. Fillianus Nasu Rusik, MTB, S.Pd                  : 30 Juli 2020 – sekarang

Saat ini SMA SANTO PAULUS PONTIANAK berada di bawah naungan Yayasan Pendidikan Sekolah Bruder (YPSB) dan kongregasi bruder-bruder MTB. Secara fisik sekolah yang telah berusia 57 tahun ini terus menerus dikembangkan menyesuaikan dengan kenyataan perubahan paradigma pembelajaran. namun usaha terus menerus sekolah membina peserta didik baik bidang akademis maupun non akademis terus dikembangkan. Hal itu dibuktikan dengan kemampuan untuk berkompetisi dan mampu menorehkan prestasi hingga tingkat nasional maupun internasional. Namun tetap kita sadari bahwa kualitas yang hebat baik dalam bidang akademik maupun non akademik tanpa diimbangi dengan keimanan dan ketakwaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa tentu tidak cukup tidak berarti apa-apa.

Terima kasih kepada seluruh keluarga besar Santo Paulus, YPSB, para bruder MTB, almuni, orang tua, donatur yang telah ikut andil membantu sehingga sekolah ini dapat terus dan terus berkembang sesuai dengan harapan masyarakat dan bangsa Indonesia yang besar ini.

SEKALI SANTO PAULUS TETAP SANTO PAULUS