SMA Santo Paulus Pontianak melaksanakan PTM Terbatas secara bertahap. Pada hari Senin,1 November 2021 peserta didik kelas XII mulai mengikuti KBM secara tatap muka di sekolah sedangkan peserta didik kelas X dan XI masih melaksanakan KBM secara daring.

Satgas Covid-19 SMA Santo Paulus Pontianak sudah terkoordinasi dengan baik, dimulai dari kewajiban memakai masker dari rumah hingga sampai di sekolah wajib mencuci tangan dan melakukan pengukuran suhu tubuh. Kemudian peserta didik masuk melalui jalur yang sudah diarahkan oleh petugas satgas ke kelas masing-masing. Setiap kelas hanya diisi dengan maksimal kapasitas 50% dari daya tampung seharusnya. 

Peserta didik mulai mengikuti KBM dengan jadwal yang telah di tentukan tanpa jam istirahat. Setelah selesai mengikuti KBM, mereka langsung diarahkan petugas satgas untuk langsung pulang ke rumah masing-masing.