Sampai tahun 1952 belum ada satupun SMA di kota Pontianak. Pendidikan umum yang ada waktu itu paling tinggi hanya tingkat SMP. Dengan demikian bagi peserta didik yang akan melanjutkan ke SMA terpaksa mencari sekolah di Jawa atau ke tempat lain di luar Pontianak. Banyak hambatan untuk menuju ke Jawa, terlebih bagi siswa yang kurang mampu. Dengan transportasi yang belum memadai dan seramai sekarang. Baik transportasi melalui udara maupun laut.

Tahun-tahun tersebut lulusan SMP Bruder dan Suster dirasakan makin banyak lulusannya, ada banyak kesulitan pertama nilai ujian yang tinggi dan biaya yang besar, kesulitan lainnya adalah makin sulitnya mendapatkan sekolah Katolik di jawa yang diinginkan.

Tahun 1952 dua bruder MTB yaitu bruder Bruno, MTB dan Bruder Bernulfus, MTB mulai membuka SMA di Kota Pontianak. Tahun 1952 sekolah tersebut di jadikan sekolah negeri yang dikelolah oleh pemerintah, yang sekarang menjadi SMA N 1 Pontianak.

Tahun 1963 beberapa orang Katolik juga mempunyai keinginan yang sama. Keinginan itu terwujud dengan berdirinya SMA Swasta Katolik yaitu SMA Santo Paulus di bawah asuhan Yayasan Santo Paulus dan Kongregasi Bruder MTB.

Dengan modal Rp.1.100,- SMA SANTO PAULUS PONTIANAK mulai dibuka pada tanggal 3 September 1963 dengan jumlah murid 60 orang, jumlah guru 10 orang, pesuruh 1 orang dan sebagai Kepala Sekolah adalah Bruder Bernulfus.

Sekolah ini didaftarkan pada tahun 1963 dengan nomor pendaftaran 770. Diberikan piagam pengakuan tanggal 26 April 1969, No.357/770, dan diperbaharui tanggal 22 September 1970 sebagai sekolah swasta penuh. Piagam pengakuan ini tidak berlaku lagi sejak tanggal 22 September 1973, dan pada tanggal 28 Februari 1975 diajukan permohonan bantuan kepada Kepala Dinas SMA. Sesuai dengan perundang-undangan yang berlaku, Akte Pendirian Yayasan Santo Paulus mengalami penyesuaian.

Saat ini SMA SANTO PAULUS PONTIANAK sudah mendapatkan bantuan dari pemerintah. Tanggal 18 Desember 1972 ditunjuk sebagai Sekolah Perintis Peningkatan Mutu Pendidikan SMA di Kalimantan Barat.